Foi construído por determinação do Governador Francisco do Rego Barros, Conde da Boa Vista, que escolheu o francês Louis Léger Vauthier, o engenheiro responsável pela execução do projeto do novo teatro, que chegou ao Recife, em setembro de 1840. O primeiro projeto elaborado por Vauthier, cujo orçamento era de 400 contos, foi rejeitado devido ao seu alto custo. O projeto definitivo, estimado em 240 contos, foi aprovado em fevereiro de 1841, sendo as obras iniciadas no mês de abril. O local escolhido foi o então chamado Campo do Erário, onde só havia areia. Atualmente é a Praça da República.
Durante todo o período de construção era chamado de Teatro de Pernambuco. Só pouco antes da sua inauguração, em 18 de maio de 1850 o seu nome foi mudado para Teatro de Santa Isabel, em homenagem à Princesa Isabel, filha do Imperador Dom Pedro II.